在過去的生態資源調查中，高美濕地共計有27科105種植物生長於高美濕地週邊及海堤外之濕地內。其中在高美濕地最具特色與代表性的，就屬雲林莞草以及臺灣特有種—大安水蓑衣了。雲林莞草原為彰化縣海岸的原生濱海沿岸之草澤植物，過去大肚溪口更曾擁有全臺灣面積最為廣大的雲林莞草。但是，在人為過度開發以及政府不當的決策下，雲林莞草已於彰化縣海岸消失殆盡。目前臺灣最大片的雲林莞草棲地反而是位於鄰近臺中市的高美濕地了。在進行海岸植物復育或是濕地保育的時候，紅樹林的復育和保存是大多數人的迷思。一直以來，許多民間團體或是政府單位多以種植水筆仔、海茄冬或是欖李等紅樹林植物來作為濕地復育的手法。但其實臺灣中部海岸屬於廣大的泥質灘地，和臺灣其他地區的海岸特性不同。在這種泥質灘地的海岸植物，首要者應為雲林莞草，而非紅樹林。
雲林莞草具備紅樹林同樣的生態功能，且在彰化海岸的重要性甚至高於紅樹林，但雲林莞草卻沒有像紅樹林般的聲名大噪。雲林莞草和紅樹林一樣，能夠孕育底棲生物以及魚蝦貝類，並讓螃蟹得以躲藏在其中。但是，每當秋冬季期，在夏日綠油油隨風飄搖的雲林莞草變會枯萎，整片灘地少了綠色地毯的庇護，讓夏季於雲林莞草中孕育豐盈的底棲生物成為此時過境來臺灣的冬候鳥的食物來源，得以補充能量。反觀紅樹林，在生長茂密成林之後，密實的結構讓水鳥無法進入其中覓食，而在非原生地的擴張反而會縮減水鳥的棲息地，這是紅樹林和雲林莞草最大的不同之處。而水鳥與雲林莞草間的交互關係則成為目前高美濕地最大的景觀特色之一。高美濕地另一個生態寶物則是大安水蓑衣。大安水蓑衣為臺灣特有之水生植物，在整片綠蔭的水塘中，小巧紫色的花朵隨風搖曳，非常討喜可愛。但也因為其生存棲地多為田間水圳、河溝以及池塘沼澤地，因此在農地不斷開發擴張之下，可生存的棲地越來越少，終究成為了瀕臨絕種的國寶水生植物。