具有高知名度的高美濕地，在濕地美景和螃蟹水鳥環繞之下，卻隱藏著生態危機，包括雲林莞草生長範圍限縮與濕地陸化、外來種植物互花米草入侵，以及陸蟹路殺等問題。

雲林莞草生長範圍自1997年起，由原本緊鄰高美一號海堤及番仔寮海堤開始逐年往海堤外退縮。這兩處雲林莞草的生長範圍，受到互花米草的競爭以及濕地陸化的影響，逐年往西側及大甲溪側（北側）推移。而在二號海堤外的雲林莞草，則因陸化緣故逐漸往西側與清水大排側（南側）推移，但此處又易受水筆仔的競爭而無法建立穩定的族群。綜合以上結果，高美濕地的雲林莞草正面臨著生長範圍壓縮的情況。

互花米草為和雲林莞草一樣，屬於一種濱海植物，為目前世界各國公認的海岸入侵物種。互花米草以地下莖萌生側芽的方式快速擴展族群，限縮當地雲林莞草和蘆葦的生長空間，而緊緻交錯的地下根系，造成灘地土質硬化。濕地的陸化降低生物多樣性，而互花米草更是加速陸化的原因之一。灘地上的底棲生物組成和生物多樣性，以及水鳥的族群結構，因為互花米草這類植物的入侵而產生變化。為了清除米草屬的植物，各國投入龐大金額進行大規模移除，但成效仍是有限。移除入侵種互花米草的最好時機，是在入侵初期，其尚未擴張之時即盡可能的完全移除。互花米草自2007年入侵高美濕地以來，其面積急速擴張，於2016年首度超過3公頃。以野生動物保護區經營管理的角度來看，此現象對當地濕地生態系與生物多樣性已造成威脅。府方已計畫性地執行互花米草移除作業，期許能在野生動物保護區經營管理的目標與範疇下，盡可能確保保護區內的生物多樣性及生態完整性。

另外，夏日的高美濕地遊客眾多。傍晚時刻多數遊客離開之際，剛好遇上是陸蟹準備離洞前往灘地釋卵之時，導致濕地區周邊防汛道路的陸蟹路殺狀況相當嚴重。高美濕地周邊交通動線與堤防堤腳設計，使螃蟹無法成功越堤進入灘地，反被困在防汛道路上，導致被車輛輾斃、甚至被螞蟻啃咬至死。當地陸蟹降海釋幼的時機約集中於夏季的農曆大潮新月及滿月的後三天。路殺的熱點集中在高美濕地北側番仔寮海堤，平均每晚有近35%的釋幼螃蟹因路殺和遭螞蟻啃咬致死。而路殺致死的抱卵母蟹平均體型為正常成熟個體的1/2體型大小。代表當地的陸蟹族群有很大的族群壓力，以致必須在體型較小時就盡快達到生理成熟並釋卵，以延續後代。這些致死和提早成熟的起因，皆為人為因素造成。因此，濕地周邊交通動線和海堤堤腳設計，皆須重新檢驗，朝向生態友善工程的角度規畫，以達野生動物保護區的設置理念和目的。

基於保育當地濕地生態，農委會於2004年9月29日核准並公告成立高美濕地為「高美野生動物保護區」。野生動物保護區主要是保護當地野生動物以及其棲息環境。政府依據野生動物保育法，將這些重點區域公告為野生動物保護區或野生動物重要棲息環境。在保護區內，不得捕殺一般類野生動物、採集或砍伐植物等，若有必要時，還得以依法徵收或撥用土地，交由主管機關管理。而內政部營建署在西元2007年12月19日，將高美濕地列為國家級濕地，臺中市政府更在2012年6月22日，公告實施高美濕地分區管制（圖）。分區管制共分三區：核心區、緩衝區，和永續利用區。遊客不得進入核心區和緩衝區，而研究單位或調查單位，需經過申請，持核過公文才得以進入。若民眾擅闖管制區，依規定可處新台幣五萬到二十五萬元罰款。