初次申請漁船船員手冊者，應檢具下列文件，向中央主管機關委辦之直轄市或縣（市）主管機關辦理：
一、申請書一式三份，附最近一年內二吋半身正面脫帽照片四張。
二、國民身分證正本、影本各一份（正本繳驗後發還）。
三、無第二十條第一項不予核發或換發漁船船員手冊情形之切結書一份。
四、經漁會證明屬實之僱傭承諾書一份。但符合第九條第一項規定之無僱傭關係者或服務於漁業訓練、巡護及研究等公務之漁船者，免附。
五、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
六、依第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練結業證書正本、影本各一份（正本繳驗後發還）。
七、未成年人附法定代理人同意書及印鑑證明各一份。
前項第六款之證書，自核發日起逾五年未申請漁船船員手冊者，應再接受第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練，領有結業證書後，始得依前項申請規定核發漁船船員手冊。



漁船船員手冊期滿申請換發者，應檢具下列文件，向中央主管機關委辦之直轄市或縣（市）主管機關辦理：
一、申請書一式三份，附最近一年內二吋半身正脫帽照片四張。
二、原領漁船船員手冊正本。
三、無第二十條第一項不予核發或換發漁船船員手冊情形之切結書一份。
四、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
五、最近五年內原領漁船船員手冊有效期間出海作業達一年之經歷證明。
六、原領漁船船員手冊船員職務異動登記欄最後一筆紀錄為解僱中無雇主者，應另檢附經漁會證明屬實之僱傭承諾書。但符合第九條第一項規定之無僱傭關係者，免附。
申請人未能提出前項第五款經歷證明者，應再接受第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練，領有結業證書後，始得依前項規定申請換發。




申請幹部船員執業證書者，應檢具下列文件及證書費，向中央主管機關辦理：
一、申請書一份，附最近一年內二吋半身正面脫帽照片二張。
二、漁船船員手冊影本一份。
三、考試院核發之漁船船員考試及格證書、中央主管機關核發之漁船幹部船員專業訓練結業證書，或其他經中央主管機關審查符合幹部船員相關類科同等訓練之證明文件正本、影本各一份（正本繳驗後發還）。
四、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
五、其他經中央主管機關指定應繳（驗）之證明文件如附表三。
前項第三款之其他經中央主管機關審查符合幹部船員相關類科同等訓練之證明文件，係持有考試院核發之航海人員相關考試及格證書、海事院校相關科系畢業證書或交通部核發之船員適任證書者，應向中央主管機關辦理審查符合幹部船員相關類科同等訓練之驗證，相關類科同等訓練驗證規定由中央主管機關定之。




幹部船員執業證書期滿申請換發者，應檢具下列文件及證書費，向中央主管機關辦理：
一、申請書一份，附最近一年內二吋半身正面脫帽照片二張。
二、漁船船員手冊影本一份。
三、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
四、原領幹部船員執業證書。
五、最近五年內原領幹部執業證書有效期間，擔任原領幹部船員執業證書之職務出海作業達一年之經歷證明，或最近一年內原領幹部執業證書有效期間，擔任原領幹部船員執業證書之職務出海作業達三個月之經歷證明。
申請人未能提出前項第五款經歷證明者，應再接受第十一條第一項第三款規定之在職專業訓練，領有結業證書後，始得依前項規定申請換發。





漁船船員手冊或幹部船員執業證書於有效期限內因相關欄位不敷使用或毀損時，應檢具下列文件，申請換發：
一、申請書一份。
二、最近一年內二吋半身正面脫帽相片二張。
三、原領漁船船員手冊或幹部船員執業證書。
漁船船員手冊或幹部船員執業證書於有效期限內遺失時，應檢具下列文件，申請補發：
一、申請書一份。
二、最近一年內二吋半身正面脫帽相片二張。
三、國民身分證正本、影本各一份（正本繳驗後發還）。
四、遺失切結書。
漁船船員依第二項、第三項申請換、補發漁船船員手冊，經查核為解僱中無雇主者，應另檢附經漁會證明屬實之僱傭承諾書。但符合第九條第一項規定之無僱傭關係者，免附。